公司注册资金100万欠债1000万，股东偿还100万，剩下的900万怎么办？

剩下的用公司资产清偿。

公司注册资金100万元，股东的出资已经足额缴纳。公司法规定，股东以其认缴的出资额为限，对公司债务承担责任，所以剩下的900万元债务不需要用股东其他资产偿还。

股东出资的100万元，只是公司资产的组成部分之一，但并不是公司的全部资产，公司的净资产还包括盈余公积、未分配利润等，所以公司可以用于偿付债务的资产不一定是100万元。

在资产的具体表现形式上，公司资产包括应收款、预付款等各类债权及固定资产等。如果公司资不抵债，且不能继续经营下去，这个时候如果选择破产的话，应当按破产法规定的破产程序，成立清算组，清理公司资产，偿付债务。如果最终公司资产不足以清偿债务，未受偿的债务也不需要股东偿还。

有一种例外情况，对于一人有限责任公司，股东如果不能证明公司财产独立于自己的财产时，应当对公司债务承担连带责任。在这种情况下，公司的1000万元债务都需要股东承担连带责任。